Карьеру профессионального мангаки Кон начал в 1990 публикацией манги "Тропик" [Kaikisen]. Параллельно ее изданию он работал помощником и учеником Отомо Кацухиро, иллюстрируя его мангу "Кошмар квартирного вопроса" [World Apartment Horror] (1991).
В том же 1991 году Кон принял участие в создании полнометражного OAV "Старик Зет" [Roujin Z] по мотивам манги Отомо.

Его первой значительной работой в аниме стала координация создания OAV-сериала Странные приключения Дзёдзё" [Jojo no Kimiyona Bouken] (1993-1994) режиссера Китакубо Хироюки, который делал и "Старик Зет".

В 1995 году Кон вместе с Моримото Кодзи принял участие в создании первой новеллы аниме-фильма Отомо "Воспоминания" [Memories].

В 1993 году автор популярного психологического триллера "Идеальная синева" [Perfect Blue] Такэути Ёсикадзу предложил компании "Rex Entertainment" экранизировать его книгу. Изначально предполагалось делать киноверсию, но в дальнейшем было принято судьбоносное решение сделать аниме-экранизацию.

Рисовать это экспериментальное аниме согласилась студия "Madhouse", а Отомо, ранее иллюстрировавший роман, предложил Кона в качестве режиссера фильма.
Вышедший в 1997 году полнометражный фильм "Идеальная синева" [Perfect Blue] стал настоящим хитом. Он получил первый приз на фестивале "Fant-Asia Film Festival" как лучший азиатский фильм. Кон моментально вошел в число культовых и наиболее известных аниме-режиссеров.
Новое полнометражное аниме Кона - "Актриса тысячелетия" [Sennen Joyuu] (2001). Этот фильм рассказывает о жизни и творчестве известной японской актрисы Фудзивары Тиёко.
Как и его учитель Отомо, Кон Сатоси не принимал "прелестного" стиля. Ему интересно не изображение красивых девочек и мальчиков в банальных ситуациях, а погружение в глубину человеческой психологии, не самоцельное "анимирование", а использование анимации как особого вида искусства для передачи идей и концепций, интересных творцу.
Кон - один из первых режиссеров, использующих в аниме идеи, выработанные в киномонтаже и кинооператорской работе.

Автор оригинала для анимационного фильма:

2011 - Yume Miru Kikai
2004 - Агент паранойи
2003 - Однажды в Токио
2001 - Актриса тысячелетия

Режиссер в анимации:

2006 - Паприка
2004 - Агент паранойи
2003 - Однажды в Токио
2001 - Актриса тысячелетия
1998 - Идеальная синева

Сценарист в анимации:

2011 - Yume Miru Kikai
2006 - Паприка
2003 - Однажды в Токио
2001 - Актриса тысячелетия
2000 - Jojo no Kimyou na Bouken (2000) [эп. 5]
1995 - Воспоминания о будущем [Magnetic Rose]

Смешанные роли:

2004 - Агент паранойи - раскадровка
- эпизод #1. Enter Lil` Slugger [03.02.2004]
- эпизод #2. The Golden Shoes [10.02.2004]
- эпизод #9. ETC [13.04.2004]
- эпизод #13. The Final Episode [18.05.2004]

2003 - Однажды в Токио - дизайн [персонажей]
1998 - Идеальная синева - дизайн [персонажей]
1991 - Старик Зет - дизайн